Zwischen der Gründung der Burg Nienborg und der Entstehung der fürstbischöflichen Kornwassermühle zu Nienborg besteht vielleicht ein Zusammenhang. Der genaue Zeitpunkt der Entstehung der Mühle ist nicht bekannt.
Wahrscheinlich wurde sie anlässlich einer Umlegung zwischen 1397 und 1400 um eine Funktion erweitert: Gegenüber der Kornmühle entstand eine Wassermühle zum Ölschlagen. Die Ölmühle wurde vermutlich in der 2. Hälfte des 16. Jh. zu einer Walkemühle umgebaut.
Zwischen 1806 und 1814 wurde sie zumindest teilweise zu einer Kornmühle und nach 1819 zu einer Knochenstampfmühle umgebaut.
Herr von Heyden erhielt am 29.12.1826 eine Konzession, um die Wassermühle um einen pferdegetriebenen Ölgang zu erweitern. Am 01.08.1828 beantragte von Heyden eine zusätzliche Erweiterung, um noch einen “Roß=Korn=Mahlgang” einbauen lassen zu können. Ob es allerdings dazu kam, ist ebensowenig aus den Quellen zu erkennen wie die Verwirklichung der im Jahre 1858 beantragten Erweiterung der Knochenstampfmühle.
Zwischen 1861 und 1882 wurde die ehemalige Walkemühle in ein Wohnhaus umgewandelt, das schließlich um 1930 abgebrochen und durch einen massiv gemauerten Viehstall ersetzt wurde. Diesen verkleidete man anlässlich der Renovierung der Kornmühle 1984 mit ausgemauertem Fachwerk. Eigentümer waren: der Fürstbischof von Münster bzw. die Hof
kammer zu Münster (bis 1802), der Wild- u. Rheingraf Karl August Friedrich von Salm-Grumbach (1802 – 1819), Theodor von Heyden u. dessen Sohn Wennemar (1819 – 1882), der Schulze van Gemen zu Gemen, Kspl. Schöppingen (1882 – 1951), die Familie Nienhaus (1951 – 1990), die Familie Brüggemann (seit März 1990). Bis zum Jahre 2007 wurde das Obergeschoss der Mühle als Heimatstube vom Heimatverein Nienborg genutzt.